Ostatnie lata to okres dynamicznego wzrostu e-handlu. Zakupów w sieci dokonuje już połowa internautów. Rozwój tego sektora sprawia, że pojawiają się ryzyka podatkowe, z którymi przedsiębiorcy nie zawsze są w stanie sobie poradzić samodzielnie. Dlatego branży uważnie przygląda się aparat skarbowy. Pomimo, że zdecydowana większość e-sprzedawców jeśli nawet popełni błąd, najczęściej wynika to z niewiedzy a nie zamierzonego działania.
Branża e-commerce coraz częściej znajduje się na celowniku fiskusa. Została wskazana w Krajowym Planie Działań Administracji Podatkowej jako jeden z sektorów, który będzie się znajdował w polu zainteresowania organów podatkowych.
Największe problemy w zakresie bieżącej działalności sprawia spełnienie ustawowego obowiązku stosowania kas fiskalnych. Rozporządzenia, które obowiązują w Polsce, wprowadzają wjątki zwalniające z ewidencjonowania sprzedaży przez internet na kasach fiskalnych, ale warunki takich zwolnień są dość restrykcyjne i nie zawsze są prawidłowo interpretowane przez przedsiębiorców.
Ministerstwo Finansów wskazuje na najczęstsze nieprawidłowości podatkowe popełniane przez sklepy internetowe. Dokonywanie sprzedaży z pominięciem kasy rejestrującej znalazło się w czołówce. Problemem jest też zaniżanie obrotów, odliczanie podatku naliczonego z faktur dokumentujących zakup towarów i usług, z tytułu których podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia, czy niedokonywanie wpłat zaliczek na podatek dochodowy w ciągu roku.
Sklepy internetowe często kupują towary, które następnie sprzedają za granicą albo sprzedają polskie towary za granicę. Pojawia się szereg kwestii związanych z rozliczeniem podatku VAT od takich nabyć albo sprzedaży. Z tym wiąże się takie zagadnienie jak transakcje łańcuchowe, kiedy trzeba w odpowiedni sposób zidentyfikować kraj, w którym się wykazuje należny VAT. Mamy tzw. sprzedaż wysyłkową, gdzie również są specyficzne regulacje podatkowe – w odniesieniu do osób nie będących podatnikami - są limity, ponad które jest obowiązek rejestracji na VAT w Kraku docelowym. Teoretycznie miejscem opodatkowania jest ten kraj, do którego dostarczane są towary. Jeśli jednak wartość sprzedaży dokonywanej przez polski e-sklep nie przekroczy w danym i poprzednim roku podatkowym limitu dla danego kraju, do którego trafia dostawa, opodatkowanie następuje w Polsce. Każdy kraj ma inne limity.
Branża e-commerce jest łakomym kąskiem dla organów podatkowych. Z jednej strony jest tam dużo nowych kwestii podatkowych, z drugiej strony organy często liczą na to, że spotkają się z brakiem doświadczenia i niewiedzą podatników.
Przedsiębiorcy nie zawsze wiedzą, jak rozliczyć podatek, jak go wykazać ani jak przygotować się do kontroli skarbówki. Często nie zdają sobie sprawy z tego, że różne typy akcji promocyjnych oznaczają skutki podatkowe. Często niewłaściwie rozliczają podatki od wydanych próbek, albo nie robią tego wcale. Najczęściej też stosują błędne kursy walut przy transakacjach stanowiących podstawę podatków: na dodatek kurs waluty do VAT i PIT albo CIT jest często inny, pomimo że dotyczą tej samej transakcji. Problemem jest też ustalenie odpowiedniej daty wykazania transakcji dla celów podatkowych (a więc opodatkowania), która nie zawsze pokrywa się z datą dokonania dostawy albo tym bardziej datą wystawienia faktury.